De oorzaak van diarree kan besmettelijk of niet-besmettelijk zijn dan wel een combinatie van beiden.

De meest voorkomende infectieuze agentia bij neonatale kalverdiarree zijn o.a. rotavirus, coronavirus en enteropathogene E. coli. Andere geïdentificeerde pathogenen zijn Cryptosporidium spp., Salmonella spp., Giardia spp. en Eimeria spp.1 Bij neonatale kalverdiarree is er een voorspelbaar patroon van infectie door deze pathogenen wat bijdraagt aan de identificatie van de oorzakelijke agentia.

De pathogenen veroorzaken schade in het maagdarmkanaal wat verhoogde secretie en verminderde absorptie van vloeistoffen tot gevolg heeft. Het kalf verliest snel vocht, elektrolyten en nutriënten. Wanneer dit onbehandeld blijft treedt snelle dehydratie op met vaak fatale afloop. 

Veel van deze pathogenen overleven lange tijd in de omgeving en veroorzaken zoönosen. Personen die in contact komen met kalveren of huisvesting dienen dan ook een strikt hygiëne protocol te volgen, omdat de voornaamste infectieroute verloopt via direct contact met infectieuze faeces of via opname van besmet drinkwater.

Infectieuze oorzaken:

•    Virussen: Rota, Corona, BVD
•    Bacteriën: E-coli, Salmonella typhimurium, Salmonella dublin
•    Protozoa: Cryptosporidiose, Coccidiose

Niet-infectieuze oorzaken kunnen zijn:

•    voedingsfouten: wisselende voertijden, mengfouten, gebruik van vuil materiaal / leidingen
•    verkeerde drinkwatertemperatuur, overvoeren, gemengd aanbieden van melk en ruwvoer
•    voedingsdiarree: gewenning aan de melkpoeder gedurende de eerste week
•    huisvesting: vocht, tocht, vervuilde materialen
•    medicijnen: bijwerkingen, verkeerde toepassing
•    urinedrinken door een verstoorde vochtbalans